São Sérgio nasceu em Palermo, Itália de uma família Síria e foi ordenado sacerdote em Roma. Uma figura muito respeitada durante o reinado do Papa Leão II e do curtíssimo reinado de Conon (686-687).
Ele foi eleito papa em circunstancias muito especiais. Logo após a morte do Papa Conon, duas facções em Roma disputavam o papado. E o resultado foi a criação de dois antipapas: Paschoal e Theodoro, o que causou grande reboliço e um levante em Roma.
Para resolver a crise os eleitores reuniram-se em assembléia e em 15 de dezembro de 687 o clero, os soldados, os oficiais governamentais votaram unanimemente para eleger Sérgio o próximo papa. Mas ele só tomou posse quando as duas facções cederam e saíram da cidade.
Sérgio foi forçado a pagar uma espécie de indenização ao representante do Imperador Bizantino, que preferia Paschoal, de modo a assegurar o apoio dos Bizantinos.
Como pontífice Sérgio foi resoluto em sua posição contra as exigências do Imperador Justiniano II de que o papa aceitasse os decretos de Trullo e permitisse o casamento dos sacerdotes e ainda o cânon 28 do Consílho de Chalcedon, o qual estabelecia que o Patriarca de Constantinopla teria um lugar igual ao Bispo de Roma.
O imperador Justiniano enviou um oficial de nome Zacarias a Roma para assegurar que as suas exigências fossem cumpridas, mas as tropas bizantinas ficaram ao lado do Papa Sérgio, bem como o povo, que correu atrás de Zacarias que acabou se escondendo na residência de Sérgio. Sérgio permitiu que Zacarias voltasse a Constantinopla, onde ficou sabendo que Justiniano tinha sido deposto, devido a vitória de Sérgio.
São Sérgio reconstituiu varias igrejas e a tradição diz que ele foi o criador do cântigo Agnus Dei, na missa.
São Sérgio...rogai por nós!